Een samenwerkingsverband van drie gemeenten bracht aan de gemeenten voor de verrichte diensten geen omzetbelasting in rekening. Volgens het samenwerkingsverband waren de werkzaamheden vrijgesteld op grond van de koepelvrijstelling. De Belastingdienst legde naheffingsaanslagen op. De gemeenten deden een beroep op het btw-compensatiefonds voor de alsnog in rekening gebrachte omzetbelasting.

Naderhand heeft de staatssecretaris van Financiën zijn beleid gewijzigd in die zin dat in gevallen van gemeentelijke samenwerking de koepelvrijstelling kan worden toegepast. Het gewijzigde beleid heeft tot gevolg gehad dat tussen het samenwerkingsverband, de gemeenten en de Belastingdienst een  vaststellingsovereenkomst (VSO) is gesloten. Daarin is afgesproken dat de naheffingsaanslagen worden vernietigd en dat de daarmee verband houdende bijdragen uit het btw-compensatiefonds worden teruggevorderd. In de VSO is neergelegd dat de belastingrente conform de wettelijke bepalingen wordt berekend. De vergoede belastingrente over de naheffingsaanslagen was echter beduidend lager dan de berekende belastingrente over de teruggevorderde bedragen.

Voor Hof Den Haag was in geschil of de berekening van belastingrente over de teruggevorderde bedragen terecht en juist heeft plaatsgevonden. Volgens het hof was dit het geval. De Hoge Raad heeft het beroep in cassatie tegen de uitspraak van het hof ongegrond verklaard.

Bij de totstandkoming van de Wet op het btw-compensatiefonds heeft de wetgever de regeling van de destijds bestaande heffingsrente voor de omzetbelasting op overeenkomstige toegepast op bijdragen uit het btw-compensatiefonds. Dat is gedaan om “met elkaar samenhangende correcties ook vanuit renteoogpunt gelijk en daarmee neutraal te behandelen”. Volgens de Hoge Raad is daarmee niet bedoeld om in alle gevallen de over de terugvordering van bijdragen uit het compensatiefonds te berekenen rente gelijk te stellen aan de rente die aan de belastingplichtige wordt vergoed over de daarmee corresponderende omzetbelasting. Dat volgt uit de wetsgeschiedenis. De verwijzing naar renteneutraliteit is niet bedoeld om een uitzondering te maken op de wettelijk voorgeschreven berekening van belastingrente over een terugvordering van bijdragen uit het btw-compensatiefonds.